今回、コードにより幻3体がつかまえられるようになり情報もまとまってきましたので
軽くまとめたいと思います。

・ケルディオ

海外サイトのこのポケモンについての英文を訳すと、次のように出ます。
「ケルディオを手に入れるには、イベントアイテムを手に入れて、コバルオンとテラキオンとビジリオンと一緒にまだよく分かってない場所でゲットできます」
ここで、一番気になったのは三闘獣の名前が出ていること…。

ショック·トルーパー！

ビリジオン戦前のおじいさんの言葉を思い出してみましょう…。
「どうじゃ？じじいの昔話に
耳を傾けてみんか？
人とポケモンがべつべつの世界で暮らしていた大昔・・・
人がはじめた戦でポケモンたちの暮らす森がはげしいホノウに包まれたのじゃ
ポケモンたちは炎と煙にまかれて逃げ場を失った・・・
そこにあらわれたのが伝説の
コバルオン テラキオン ビリジオンじゃった！
テラキオンは持ち前の怪力で逃げ道をふさぐ岩を壊した
ビリジオンはすばやい身のこなしで火の粉からポケモンを守った
そしてコバルオンはおびえるポケモンたちを導き
焼ける森から逃がしたのじゃ
コバルオン　テラキオン　ビリジオンは
戦をはじめた連中を圧倒的な力でけちらした
連中は3匹の力におそれをなしてようやく戦をやめたのじゃ…」

深海の歯を取得する方法？

そして、ケルディオの英文を読んでいくと
「ケルディオは火の中で孤立して三闘獣に育てられたことが判明」
さらに「わかごま」の意味は「若い馬＝若き王」という意味らしいですね…。

中でも一番驚いたのは"海底遺跡の最深部に「ケルディオ」がいるかも説"
確かによくよく考えてみると
テラキオンは持ち前の怪力で逃げ道をふさぐ岩を壊した　→かいりき
ビリジオンはすばやい身のこなしで火の粉からポケモンを守った　→ポケモン＝ケルディオのこと？
そしてコバルオンはおびえるポケモンたちを導き　→フラッシュ
ストーリー的には完璧です。後は解析内容次第で…。

・メロイア→メロエッタ

ボイスフォルム(通常)

ステップフォルム

カビゴンは、ポケモンリーフグリーンでは、どのレベルを進化させない

まずは英文の解析から…
「メロエッタをフォルムチェンジさせるには、ヒウンシティのカフェの女性のとこに行く必要がある」
実際行くと、メロエッタ専用の技「いにしえのうた」がもらえ自分の意志でフォルムチェンジできるようになるそうです。
いにしえのうた：威力/命中 75/100　相手を眠りにすることがある

また、古代の歌という単語があることから『海底遺跡の古代文字の解析に必要なのではないか』という説もあるようです。

・ゲノセクト

まず、いろいろとすごい設定で驚いた。
背中のミサイル砲みたいなのは改造結果だったのか…。

英文を訳していきます。
「ゲノセクトは化石から復活させられて、最も強力なポケモンを作るために改造させられた。
しかしNはその計画を悪く思い、その純粋さでプロジェクトは不正に断念させられた。
が、科学者は取り組み続け、Nの才能を見まもっていた。
ロケット団から技マシン95を守るためにロックカプセルに保存された」

つまり、ゲノセクトが作られたのはNがいたころ。
そして、それをロケット団も狙っていたことがわかります。だからロケット団もミュウツーという最強ポケモンを作ったのですね。
お互いに最強ポケモンを目指していた結果でこうなってしまったのでしょう…。

最高の遺伝子を使って生まれたミュウツー…
最強のポケモンを改造して生まれたゲノセクト…

何だか今回のポケモンは内容が濃すぎです(;´▽｀A``